La Faune
Les mammifères.
La diversité des climats, le relief inaccessible, l'étendue de l'archipel, rendent la faune particulièrement variée. Il est possible de distinguer deux grandes zones séparées selon l'axe de watase: une ligne virtuelle qui passerait entre les îles Amami et Tanegashima. Le nord de cette ligne peut encore fait l'objet d'une subdivision en distinguant une zone sibérienne d'une zone mandchourienne dont la ligne de Blackiston formerait la frontière.
Il n'y a quasiment aucun animal dangereux pour l'homme. Les serpents se rencontrent rarement, une seule espèce, qui ne se trouve qu'au sud présente un réel danger, il s'agit du Habu. -
Voici quelques espèces qu'il est possible de croiser sur l'ensemble du territoire japonais: phoques, morses, cerf, sanglier, loups, renard, visons, lièvre noir, antilope, tanuki...Photo de gauche: Dans la région de Nara les daims symbolisant le lien entre les dieux et les hommes (et les touristes?) sont en totale liberté.
Sur l'île d'Hokkaidô: Ours brun, martre noire, skunks (sconse) ...
La plupart de ces espèces sont aujourd'hui en voie de disparition.
Les oiseaux.
Aigle couronné, colombe, faucon, geai, hototogisu (rossignol), hibou, toki (ibis huppé) l'un des symboles du Japon, aujourd'hui quasiment éteint...
Les insectes.
Hotaru (vers luisants), kabutomochi (lucanes), cigales (semi), tombo (libellules), kôrogi (grillons), Ka (moustiques)...
La Flore
La diversité des micro-climats rend la flore japonaise particulièrement diversifiée.
Quatre zones botaniques divisent le territoire japonais:
1 & 2- zone nordique et centrale nordique:
kamba (feuillus), miyama-nanakamado (feuillus), shirabe (conifères), todomatsu (feuillus)... Au centre, il est possible d'observer des arbres aux feuilles caduques larges comme les buna et des conifères comme les hiba, hinoki (pin), kuromatsu (pin).
3- Zone centrale méridionale:
Forêts tempérées à larges feuilles, tel que le shii (pin). Il est aussi possible, du fait du reboisement, de trouver des espèces non endémique comme les sugi (cryptomère géant)
4- zone méridionale:
Arbres à feuilles persistantes tels que les kusunoki, tachibana...
Arbre tropicaux tels que birô, camphrier, cocotier et et sotetsu...
Fleurs: Les fleurs ont toujours inspiré l'art japonais, certain courant artistique d'ikebana préconisant l'utilisation en premier lieu de fleurs japonaises dans les composition florales plutôt que de recourir à des espèces étrangères.